• 一般替代役：
1. 役男傷病赴全民健康保險醫事服務機構(非國軍醫院）憑健保卡及役男身分證就醫，其依全民健康保險法規規定，應自行負擔之醫療費用，由內政部役政署全額支付，但役男須自付掛號費。
2. 若有接受全民健康保險不給付範圍醫療項目之需求，役男就診時須自行先支付費用，再由服勤單位協助送請本署視個案情形酌以補助醫療技術費、醫師診察費、手術費、無保險病房時之上一等級病房費差額及因公傷病復健治療相關費用。
3. 役男傷病赴(國軍醫院)憑健保卡及役男身分證就醫，其依全民健康保險法規規定，應自行負擔之醫療費用及掛號費，由內政部役政署全額支付；並比照國軍官兵，享有同等醫療優惠。
• 研發替代役：役男於第1、2階段服務期間之就醫費用負擔同一般替代役；第3階段服務期間依勞工保險條例規定辦理。